王世充命侄子王仁則和義子王仁義秘密屠殺江湖習武之士，短短數日，眾多江湖門派均遭滅門。最後又劍指方外淨地少林寺，強邀少林寺高僧曇宗到太尉府中任武術教頭。為了探清王世充的陰謀，曇宗決定到太尉府一探虛實。
少林寺山門外，姚漢武帶著一股強烈的仇恨闖進少林寺中，被少林弟子趕出寺去，為了達到目的，姚漢武長跪寺外，感動方丈收他入寺，卻安排其到菜園之中澆菜。
洛陽首富高達把獨子高飛揚關入地窖之中。等到高飛揚逃出地窖後，隻見家中遍地死屍，慘遭滅門，高達臨死前囑托高飛揚一定要找到老魏，高飛揚認為是老魏殺了自己全家。這時黑衣人衝出要殺掉高飛揚，但高飛揚逃脫後，他們隻是遠遠的跟著，當高飛揚誤入黑店他們反而救了他。
王玉鳳是王世充的掌上明珠，到野外打獵，遇到相士桓法嗣，桓法嗣說王世充三日之內必有血光之災，假若未能應驗可到城隍廟中找他算賬。王世充不信這等江湖術士之言，派王仁義去找抓那個人，王仁義帶領軍士到城隍廟中並沒有見到那個江湖術士，卻遇到一個黑衣少年，背負一個藏有暗器的小木箱，武藝高強和王仁義功夫不相上下，一番搏鬥之後黑衣人不願多鬥，打倒王仁義後逃走。
少林寺傳奇之十三棍僧分集劇情介紹 第2集 王仁義回去複命，待將黑衣人描述一番之後發現與王玉鳳所遇之人並非一個人，對於此人身份他們也猜不透，王世充遂派王仁則和王仁義查清這個黑衣人的身份，務必將其除掉，免留後患。
那黑衣人卻闖入太尉府刺殺王世充，原來黑衣人是為了十五年前江都督造張衡一家的滅門慘案而來報仇的。不料王世充武功高強，黑衣人不敵，逃到院內，遇到聞聲趕來的王玉鳳，兩人交上手，但是黑衣人顯然不願傷害她，打倒她後逃走。王仁則和王仁義帶領眾多軍士趕到，向黑衣人追去。王仁義追上黑衣人兩人再度交手，王仁義被他打傷，不料又遇到王仁則，二人聯手又是一番苦鬥。黑衣人跌入陷阱中被抓到。王仁義為報仇，射傷黑衣人，為了查清楚幕後指使之人，王世充沒有殺掉他，而是把他關了起來。王玉鳳為了想起那個江湖術士的話，帶領官兵到街上尋找那人，誰料桓法嗣自己出現並隨他們回了太尉府。桓法嗣算出王世充乃是天子之命，王世充陰謀被看穿欲殺掉桓法嗣。
曇宗帶領弟子僧豐去往太尉府一探虛實，朝廷已經下達“禁武令”，為免麻煩，路上曇宗告誡僧豐無論遇到什麼狀況都隻能逃跑不能顯露武功。
高飛揚醒了之後發現自己身處黑店之中，更是想不明白，到底是誰殺了自己全家，又是誰救了自己。回想起事發之前父親高達命家丁把自己捆綁起來放進了地窖。這時候王仁義帶人來抓他，一路追趕過來，高飛揚被包圍，十分危險。
桓法嗣拿孔子之書來預言王世充乃是真龍天子，將得天下，王世充以其妖言惑眾為由要殺了桓法嗣。
少林寺傳奇之十三棍僧分集劇情介紹 第3集 桓法嗣拿出莊子的《人間世》和《德充符》兩篇文章預言王世充就是真龍天子，此言深得王世充歡心，王世充命桓法嗣如果可以查出那個黑衣人刺客的身份就eastlady.cn薦舉他為“諫議大夫”。原來桓法嗣之前曾偶遇這位殺手，殺手自稱“無名”。桓法嗣用計查明了無名乃是揚州人士，把在陷阱邊撿到一塊金鎖拿於王世充看，王世充突然想起起十五年前自己謀害江都督造張衡全家，當時未能斬草除根，讓張衡的長子張天保逃跑。王世充在十五年前就布下一個局等著張天保來報仇。桓法嗣也被王世充留在身邊充當謀士。
無名還被困在陷阱之中，王玉鳳懷疑無名就是自己的青梅竹馬的張天保，給他送來了治傷的金瘡藥，但是無名並不領情，也不承認自己是張天保。
這時曇宗也帶著僧豐來到太尉府，王世充不僅讓王仁則派人和曇宗比試功夫，還設下“板凳陣”“蒺藜陣”在密道中設下種種殺人機關，最後親自動手來試探曇宗的功夫。
姚漢武到了菜園之後，為了早日練成功夫，澆菜提四桶水，還天天討好看守菜園的智守師兄，希望能教自己功夫，智守貪小便宜，隨便擺了個姿勢教給姚漢武，姚漢武高興的拿來當寶貝一樣天天練習。
王仁義打敗高飛揚，高飛揚搶到一匹馬後逃跑，王仁義卻沒有命軍士追趕，看著高飛揚逃跑。
少林寺傳奇之十三棍僧分集劇情介紹 第4集 王仁則想與曇宗分個高下，王仁則使用各種兵器襲擊曇宗，曇宗均一一化解，在太尉府演武廳和曇宗鬥了幾個回合都被曇宗打敗，王世充想要聘請他留下來做府中功夫教頭，為自己所用。曇宗不為所動，婉言謝絕王世充。王仁則要殺掉曇宗免留後患，王世充製止王仁則，繼續進行自己的下一步計劃。
曇宗師徒離開太尉府走在洛陽街道上，一個黑衣人交給僧豐一個包裹，曇宗打開一看是一個骷髏頭，為了查清楚到底有什麼陰謀，曇宗帶領僧豐跟隨黑衣人而來，黑衣人把曇宗引到一片亂葬崗中，僧豐沒有跟上師傅曇宗，被人人暗算打昏在亂葬崗中。曇宗被黑衣人引至一個荒村之中，充滿了危險，本想離開，發現僧豐不見了，而在荒村中傳來僧豐的呼救聲，曇宗發現這果然是一個陷阱，先是一個躲在棺材裏的侏儒襲擊曇宗，曇宗想不明白對付自己的究竟是什麼人，為什麼一直藏在暗處?究竟是什麼目的呢?曇宗落入一個陷阱中，入口被完全封死，突然從牆上的暗口處不斷的射箭進來，情境十分危險。
王世充命人把張天保放出來，原來無名就是張衡的長子張天保。王世充告訴張天保殺害他全家的凶手是一個和尚，當年自己趕到張家的時候，張家一遭滅門，並且拿出一顆玄鐵菩提珠來證明，真正的仇人是少林和尚。王世充放了張天保，讓他去查找真凶。
原來王世充早年得到張衡的提拔得到皇上的重用，張衡本有兩子，長子張天保和小兒子張天永，由於兩家交往甚密，張天保和王玉鳳從小就定下了親事，而那金鎖就是定親信物。王世充一直告訴王玉鳳張天保已經被殺害，但是王玉鳳不相信，她懷疑無名就是張天保。
高飛揚跑到一片山林中靠在樹上休息，老魏突然出現，原來老魏就是鬼盜“魏火照”，老魏承認是自己殺了高飛揚全家，並要把高飛揚也殺掉。
少林寺傳奇之十三棍僧分集劇情介紹 第5集 曇宗被困在密室中，四周不斷的射箭過來，情勢十分危急，曇宗利用手裏的玄鐵菩提珠當作暗器散射出去，堵上了那些射箭的機關才化解了危險。這時出現一個麵帶鬼臉的人，他們押著僧豐往遠處逃走，曇宗運用內力硬是把封窗的鐵條拉開從中逃出向鬼臉追去。不斷的有鬼臉來暗中襲擊曇宗。原來是開封皮影賈在搞鬼，曇宗以為他就是幕後黑手，經過一番打鬥，皮影賈被自己所燒，曇宗不計前嫌又救了他，原來皮影賈也是被人利用並不是幕後主使者，就在這時皮影賈被射來的毒針所殺滅口。
眼看老魏要對高飛揚下手，一個激靈，高飛揚飛身跳起，原來是一個夢。老魏本來是高府的門房，高飛揚喜愛練武，老魏是一個深藏不露的武林高手，高達膽小怕事，害怕兒子觸犯“禁武令”惹來禍。高飛揚想到全家被殺的大仇未報，騎馬飛奔在山林中尋找老魏，卻被絆馬索絆倒，摔的昏迷，醒來之後發現被黑豹給吊在樹上，高飛揚用計逃脫，不料被山林中的捕獸夾抓住，黑豹不殺他並且在暗中保護他。這時一位姑娘來救了高飛揚，但當姑娘聽說高飛揚要找鬼盜“魏火照”，那姑娘就把高飛揚扔下山崖。
這個荒村是依據八卦陣建造的，處處充滿了危險。曇宗追蹤黑衣人又被“六傘”圍困，“六傘”功夫邪門，各持一把金剛傘，好是一番苦鬥，眼看六傘漸漸不支，卻突然一個個口吐白沫中毒而死。繼續查找僧豐的下落，不料又遇到了太行三鷹，又是一場惡鬥，
姚漢武晚上獨自在菜園外練習智守教他的功夫，張天保去往少林寺，看到姚漢武練的少林功夫，指點了他幾下，姚漢武才發現自己被智守給騙了，自己練的並不是什麼少林功夫，氣呼呼的回去找智守算賬，把智守從床上拉起來狠揍了一頓。
