1999年2月吳奇隆與蔡少芬因拍《還我情心》結緣，兩人與1999年5月被人拍到手拖手逛街，吳奇隆當時更透露對蔡有好感。6月，吳奇隆與蔡少芬拍婚紗廣告，更借機向廣大傳媒公開戀情，互訴愛的宣言。可惜，2001年底因為拍攝《蕭十一郎》，吳奇隆對劇中的女演員馬雅舒動了情，2002年春節更特地飛到雲南馬雅舒的家鄉去看馬，事發後沒多久吳奇隆便和蔡少芬分手。
1994年，吳奇隆和楊采妮和出演由徐克導演的電影《梁山伯與祝英台》傳出緋聞，據導演徐克稱說：“我在現場所見，兩人真的很有親密磁場，收工了也粘在一起......他們兩個談戀愛挺好，因為是演《梁祝》嘛。”隨後也有媒體拍到兩人相約酒店激情的緋聞，但是由於雙方的公司不讚成，也不能發展下去。
2001年，吳奇隆和馬雅舒因拍攝《蕭十一郎》時相識，馬雅舒先追的吳奇隆，吳奇隆因為那時剛到內地發展，對於從小就渴望家的溫暖的吳奇隆來說，因為馬雅舒對吳奇隆的悉心照顧和溫柔體貼，所以很快就發展成戀人了。2006年12月12日，吳奇隆與馬雅舒結束5年的戀愛，在雲南登記結婚，婚後他們把家安在了北京。這段婚姻維持了不到三年後，終因兩人長時間聚少離多而告終。這也是吳奇隆最後悔的一段情。
據媒體稱，某調查公司曾受神秘人士委托調查馬雅舒私生活，結果顯示，婚後的馬雅舒秘密交往過的外籍男人至少不少於4個。而日前被偷拍的James，和馬是在一次從台灣回北京飛機上認識，James在北京投資遊戲軟件公司，兩人在北京也被發現頻頻出現在新城國際公寓，疑似同居，而且每回吳奇隆回北京馬雅舒就往外跑，為了練好英文，馬雅舒也報名高級英文班上課。
