引起消化不良的原因很多，包括胃和十二指腸部位的慢性炎症，使食管、胃、十二指腸的正常蠕動功能失調。患者的精神不愉快、長期悶悶不樂或突然受到猛烈的刺激等均可引起。胃輕癱則是由糖尿病、原發性神經性厭食和胃切除術所致。
老年人的消化功能減退，易受情緒影響，有時食物稍粗糙或生冷及食物過多過油膩時也可誘發。值得強調的是，一般在家中自我治療的輕型消化不良，大都由於情緒不好、工作過於緊張、天寒受涼或多食不易消化食物所引起，僅有輕微的上腹不適、飽脹、燒心等症狀。
消化不良可由特發性、先天性、炎症性、傳染性或胰腺疾病所致，也可繼發於多種全身性疾病。如乳糜瀉為麩質敏感性腸病，是原發性腸道吸收不良綜合征。因小腸粘膜缺乏某種肽酶，不能把麩質代謝產物α麩蛋白徹底分解，而麩蛋白對小腸粘膜有強烈損害作用。
進食的麩質在腸粘膜局部刺激lgA抗體產生，而且可與lgA形成抗原-抗體原複合物，沉積於腸粘膜，在補體參與下發生變態反應，引起腸粘膜損傷。吸收不良綜合征包括熱帶性和非熱帶吸收不良綜合征，及小兒乳糜瀉。流行於熱帶地區的吸收不良綜合征，以慢性脂肪瀉、多種營養素缺乏，口炎、巨幼紅細胞性貧血為特性，抗生素治療有效；而小兒乳糜瀉和非熱帶性吸收不良綜合征病人，主要是不能耐麩質而引起吸收不良綜合征。
