(1)尿道上裂
常見的有三種類型。
①陰莖頭型：極為少見，尿道口位於陰莖頭或冠狀溝部，自尿道口至陰莖頭尖部有一溝，陰莖頭呈扁平狀，陰莖體較短，包皮在背側分裂。
②陰莖型：尿道口位於陰莖體根部的背側，自尿道口至陰莖尖端有一深溝，為黏膜所覆蓋，在黏膜上可見尿道腔隙及尿道旁腺，陰莖較小，包皮懸垂在陰莖的腹側。
③全部型：尿道完全缺口，膀胱直接向外開口，尿道口形如漏鬥，位於恥骨聯合部，恥骨常分離，膀胱括約肌發育也反常，故有尿失禁現象。
尿道上裂的前兩種類型通常無嚴重症狀，全部型因排尿紊亂，尿液滲漏，尿流無方向，浸漬周圍皮膚。三型尿道上裂，均可致陰莖短小，向上彎曲，常影響性交而無生殖功能。治療應在3〜6歲做矯正手術，第三種類型可做輸尿管乙狀結腸吻合術。
(2)尿道下裂
常見的先天性畸形主要有三種類型：
①陰莖頭型：此型最常見，尿道口位於包皮係帶部，係帶部常缺如，陰莖頭扁平，向腹側彎曲，腹側無包皮，背側為頭巾樣的包皮覆蓋。常見症狀為尿道口狹窄、排尿困難，或排尿時方向不正常。用尿道擴張術或切開尿道口，使尿道口擴大，排尿通暢，也可做矯正手術。
②陰莖型：尿道口位於陰莖腹側冠狀溝或陰莖與陰囊之間，陰莖有嚴重畸形，短而平，向下彎曲，甚至與陰囊縫連接。尿道口細小或狹窄，尿道海綿體發育不良引起陰莖下彎，形成一根粗硬的纖維帶從係帶部伸到陰莖的根部。患者須坐位排尿。切除纖維可使陰莖伸直而正常生長。該類典型的表現是分裂陰囊形似女性的陰唇，陰莖開似陰蒂，伴有睾丸發育不全或下降不全。
③會陰型：發育不令的陰莖為頭樣包皮和分裂的陰囊所遮蓋，陰莖高度彎曲，外生殖器形似女性，陰囊內睾丸可有可無。嚴重的病例實際上成為假兩性畸形。
治療以手術矯正為主，而且常把手術分為兩期，第一期矯正陰莖的彎曲，使之能正常發育，在彎曲未矯正之前，修補尿道是毫無意義的。第二期為尿道成形術。
(3)包皮過長
陰莖外層包繞一層皮膚，薄而柔軟，富於伸展性，皮膚至陰莖頸部向前，形成包繞有莖頭的環形皺襞，稱為陰莖包皮。
有些包皮很長，經常遮蓋龜頭，有些人包皮雖長，但可以上翻至冠狀溝處。對這種情況應囑其注意個人衛生，經常翻開包皮清洗，如無炎症發生可小'必手術;如經常發炎，包皮內層與龜頭有粘連，影響正常性生活，可以施行包皮環切手術。
(4)包莖
包皮門細小，包皮不能上翻至冠狀溝處。有的包皮門細如針尖，可使尿液瀦留，包皮垢積累而導致感染，發生陰莖頭包皮炎和包皮結石。長期慢性刺激可誘發陰莖癌。包皮口細小，勉強上翻後不能複位，致包皮腫脹，稱為包莖嵌頓。包莖和包莖嵌頓都需要手術治療。
(5)睾丸異常
並睾即兩側睾丸融合在一起;多睾即兩個以上睾丸;無睾即沒有睾丸，包括腹腔內和明囊都沒有，這是臨床非常少見的先天性畸形。
(6)隱睾
新生兒睾丸大多降在陰囊內，1%〜7%在出生時睾丸未降，多在生後1周內下降，極少數是在青春期性激素增加時下降。如青春期睾丸仍未下降，此後下降的可能性也就沒有了，此種情況為隱睾。隱睾留在腹膜後的約為25%，腹股溝部70%，明囊上部的5%。成人的隱睾約為2%。
隱睾的手術治療，目前觀點不一，有人主張早期手術即單側在6歲前，雙側在3歲前，其理由為隱睾可使其功能改變或發生癌變。有人主張15歲以後手術，其理由為隱睾在青春期前可以自動下降。
隱睾的內分泌治療適宜雙側，在4〜6歲生長期中，使用內分泌激素治療最為理想，絨毛膜促性腺激素4000單位肌注，每天1次，共3天;或每兩天肌注1000單位，共2周。如能每周肌注丙酸睾酮50毫克2次，對促進睾丸和陰莖生長更為有利。
